石墨中的杂质来自两个通道，一个是原料，另一个是碳生产过程中的混合。

生产碳原料，石油焦和煤沥青，杂质含量一般为0.3~0.5%，利用杂质含量低的原料去做核石墨，这是最有效也最容易做的。规定生产核石墨要用石油焦，灰分<0.04%，其次要保证在核石墨的整个生产过程中，严格要求生产设备和环境清洁，不使杂质混入生产中，并在石墨化学过程中进行热净化和化学净化。

在石墨化过程中，焙烧的半成品由于高温会挥发出一些杂质。例如，镁的洗涤点为1108℃，钙的沸点为1484℃。它们的氧化物被碳还原成金属后，在石墨化过程中挥发出来。将挥发性较弱的碳化硅分解成硅，在1800℃下放电。2200℃后，石墨中杂质含量约为0.1%。

反应器使用的高纯石墨为UCC生产的AGOT牌高纯石墨，杂质含量<0.1%，采用热纯度法生产。将石墨化温度提高到2800℃

在3000℃时，剩余的杂质以碳化物的形式蒸发。利用高温将石墨中的灰分降低到0.1%以下，这就是热净化方法。由于石墨化炉芯中心的温度高于炉芯边缘的温度，所以将石墨放在石墨化炉芯中心进行石墨化。